そういえば、OSデフォルトのMPEG Decoderがffdshowなどのフィルターより、優先度が低くて正常に動作しない場合の対処方法として、「Microsoft MPEG Video Decoder」などのメリット値を上げるという方法が紹介されているところもあるようですが、

やめた方が良いです

OSのデフォルトのフィルターには手を加えるべきではありません。
まぁ、試してみれば解ると思いますが、アプリケーションによってはMPEGが再生できなくなったりします。
(逆に何の問題もない場合もありますが。)
そのアプリケーションのフィルターの探し方に問題があるような気もしますけど、とりあえず言えるのは、OSのコンポーネントには手を加えるべきではありません。
こういう場合なら、後でインストールしたffdshowの優先度を下げる方法で対処するのがベターというか定石です。

幸い、ffdshowは設定ダイアログでメリット値の変更を許可していますし、
(ffdshowは如何なるメリット値でも動作するように作られているらしい…という予測は出来ますよね)

OSから初めにインストールされている物はアプリケーションによってはそこに在るべき物として既に組み込まれてしまっている可能性があるということを考慮すべきです。
(勿論、本来であればDirectShow FilterはCOMコンポーネントなので、絶対にあるという保証はないので、このようなアプリケーションの組み込み方が間違っているのではありますが。)

ぇ、なんでこんなこと書いてるかって？
テックジャイアン買って、とあるホームページを見に行ったらそんなことが書いてあったからw

そんな、OSに付いてる大本をいじるなんて、プログラマーとして正気かっ！？、と言いたくもなります。